Kot najobsežnejše silikatno gorovje v Sloveniji je Pohorje tudi v geološkem pogledu precej drugačno od preostalega slovenskega alpskega sveta. Predstavlja najobsežnejši masiv magmatskih in metamorfnih kamnin v Sloveniji, ki izstopajo iz sicer pretežno »sedimentne« Slovenije.
Na Pohorju lahko opazujemo najstarejše slovenske kamnine, ki na svojih plečih nosijo dobrih 400 milijonov let. To so preobražene kamnine, ki so zastopane s pisano paleto masivnih in skrilavih različkov. Teh »stark« v takšnem obsegu drugje po Sloveniji ne bomo našli. V njih se skrivajo številni, tudi dragi in okrasni minerali, in celo takšni, ki so Pohorcem v preteklosti dajali rudarski in steklarski kruh.
Znotraj obroča starih metamorfnih kamnin osrednje Pohorje gradijo mnogo mlajše in po nastanku popolnoma drugačne kamnine. Magmatske »mladenke«, ki štejejo komaj 18 milijonov let, tvorijo nežne obline pohorskih vrhov in pobočij. Med njimi najbolj izstopa čizlakit, ki je prava svetovna kamninska posebnost.